Tikrosios potvynio Kubane, kuris pareikalavo kelių šimtų gyvybių ir sugriovė tūkstančius namų, priežastys nežinomos. Tačiau yra keletas teorijų šia tema - tiek oficialių, tiek „populiarių“.
Liepos 7 dienos naktį Kubane prasidėjo potvynis, kuris sunaikino namus Gelendžike, Novorosijske, Krymske ir keliuose kaimuose. Tą akimirką, kai pasirodė pirmasis Nepaprastųjų situacijų ministerijos perspėjimas, išgyvenusieji jau sėdėjo ant namų stogų, o vyresnio amžiaus žmonės, vaikai ir neįgalieji, negalėdami pabėgti, mirė. Būtent šis faktas leidžia teigti, kad iš dalies šimtai žmonių kalti dėl Nepaprastųjų situacijų ministerijos atstovų, kurie laiku neįspėjo apie katastrofą ir neorganizavo evakuacijos.
Viena iš potvynių priežasčių vadinama per dideliu kritulių kiekiu. Remiantis oficialiais pareiškimais, per dieną Kubaną užklupo penkių mėnesių krituliai, dėl kurių upės perpildytos ir užtvindytos miestai. Ypač smarkiai nukentėjo Krymskas, kur vandens lygis kai kuriose vietose viršijo trijų metrų ženklą. Srautas buvo toks stiprus, kad automobiliai ir net sunkvežimiai apvirto slėgdami vandenį.
Neoficiali versija, kurią pareigūnai atmeta, yra Neberdzhaevskio rezervuaro proveržis arba organizuotas ar automatinis vandens išleidimas iš jo. Visų pirma, Tyrimo komiteto atstovai sugebėjo nustatyti, kad vanduo iš rezervuaro iš tikrųjų nutekėjo, kai prasidėjo smarkus lietus, tačiau negalima tiksliai pasakyti, kad tai lėmė tragediją. Taip pat sklando gandai, kad nutekėjimas nebuvo automatinis, o specialiai organizuotas, nes valdininkai turėjo pasirinkimą: užtvindyti Krymską arba leisti vandeniui tekėti per kitas Kubano dalis, įskaitant teritoriją, kurioje yra prezidento Putino dacha. Ši versija nebuvo nei patvirtinta, nei paneigta.
Galiausiai oficialioji teorija sako, kad potvynis Kubane kilo dėl potvynių pavojingų zonų plėtros. Norint, kad tragedija nepasikartotų, „Gosprirodnadzor“, „Rosvodresursam“ ir „Roshydromet“ buvo pavesta imtis visų būtinų priemonių. Buvo nuspręsta kuo greičiau atkurti hidrologinius postus, užtikrinti geriausią Krymsko ir Novorosijsko orų stočių darbą ir imtis priemonių užkirsti kelią naujoms stichinėms nelaimėms.
